Viirusnakkustest põhjustatud haiguste puhul saab ravitavate viiruste tüüpide väljaselgitamiseks teha järgmist kahte tüüpi kontrolle:
1. Viiruse enda otsene tuvastamine
2. See suudab tuvastada viiruse pinnal oleva antigeeni ja viiruse nukleiinhappe.
Test tuvastas viiruse vastu võitlemiseks toodetud antikehad:
Tavaolukorras ei nõua antigeenide testimine kõrgeid laboratoorseid tingimusi ja see sobib peamiselt esmahaiglate ulatuslikuks sõeluuringuks; Antikehade testimist on lihtne teostada ja testi tulemused saab kätte 10-15 minutiga. Nukleiinhapete tuvastamine nõuab paljusid laboritingimusi, vahelduvat personali ja seadmeid, kuid tulemuste leht on kõige tundlikum ja täpsem.
Kümnest uuest heakskiidetud koroonaviiruse nukleiinhapete tuvastamise reagendist 8 kasutavad fluorestseeruvat PCR meetodit ja ülejäänud tuvastamismeetodid on kombineeritud sondiga ankurdatud polümerisatsiooni sekveneerimismeetod ja konstantse temperatuuriga amplifikatsioonikiibi meetod.
1. Fluorestsents-PCR meetod
PCR-meetod viitab polümeraasi ahelreaktsioonile, mis võib oluliselt suurendada DNA jälgede kogust. Kui seda kasutatakse uue koroonaviiruse tuvastamiseks, kuna uus koroonaviirus on RNA viirus, on enne PCR tuvastamist vaja viiruse RNA pöördtranskribeerida DNA-ks.
Fluorestsents-PCR tuvastamise põhimõte seisneb selles, et PCR-i edenedes jätkavad reaktsiooniproduktide akumuleerumine ja proportsionaalselt suureneb ka fluorestsentssignaali intensiivsus. Lõpuks jälgitakse toote koguse muutust fluorestsentsi intensiivsuse muutusega, saades seeläbi fluorestsentsi amplifikatsioonikõvera.
See on praegu kõige sagedamini kasutatav meetod uue koroonaviiruse nukleiinhapete tuvastamiseks. Siiski võivad testitulemustes vigu põhjustada järgmised tegurid:
Ebaõige säilitamine või testimiseks esitamata jätmine: RNA viirused lagunevad kergesti. Seetõttu tuleb pärast patsiendi proovide võtmist neid standardsel viisil säilitada ja võimalikult kiiresti testida. Vastasel juhul on testi tulemus tõenäoliselt ebatäpne.
Tulemuste tõlgendamise viga: Hetkel heakskiidetud testitooted valitakse uudse koronaviiruse genoomi avatud lugemisraami 1a/b, ümbrisevalgu ja nukleokapsiidi valgu alusel. Erinevate toodete tuvastuspraimerid ja sondi kujundused on aga erinevad ning ühe sihtmärgiga segmentide, kahe sihtmärgiga segmentide ja kolme sihtmärgiga segmentide tuvastamisel ja tõlgendamisel on erinevusi. Seega, kui tõlgendamist ei teostata rangelt vastavalt erinevatele juhistele, võib see kaasa tuua vale hinnangu tulemuse kohta.
2. Kombineeritud sondiga ankurdatud polümerisatsiooni sekveneerimismeetod
Selle tuvastamise eesmärk on peamiselt spetsiaalse instrumendi kasutamine, et tuvastada DNA nanosfääride poolt kantud geenijärjestus sekveneerimisslaidil.
Seda tüüpi tuvastamine on kõrge tundlikkusega ja seda ei ole lihtne diagnoosimata jätta, kuid tulemusi mõjutavad kergesti ka paljud tegurid, sealhulgas:
Õigeaegselt testimata proove: sarnaselt fluorestsents-PCR-meetodile võivad tulemused olla ebatäpsed, kui neid ei säilitata standardsel viisil ega testita niipea kui võimalik.
Katsekoha ruumitemperatuur on liiga kõrge: see mõjutab ka testitulemuste täpsust. Erinevad testimisinstrumendid ja -komplektid võivad samuti tulemusi mõjutada.
3. Konstantse temperatuuri võimenduse kiibi meetod
Geenikiibi tuvastamine on üks traditsioonilisi viroloogilisi diagnostikameetodeid. Tuvastamispõhimõte on nukleiinhapete komplementaarsete seondumisomaduste põhjal välja töötatud tuvastamismeetod, mida saab kasutada organismides esinevate nukleiinhapete kvalitatiivseks või kvantitatiivseks mõõtmiseks. Võrreldes PCR-iga on geenikiibil suurem täpsusaste ja lühem aeg, kuid see on ka kallim ning tuvastamise läbilaskevõime (ajaühikus genereeritavate andmete hulk) on suhteliselt madalam.
Seekord heaks kiidetud termostaadikiip suudab tuvastada kuut tüüpi hingamisteede viiruseid, sealhulgas uut koroonaviirust. Tulemusi saab 1,5 tunni jooksul,
Võrreldes PCR-iga on geenikiibil suurem täpsusaste ja lühem aeg, kuid hind on kallim ja tuvastamise läbilaskevõime (ajaühikus genereeritavate andmete hulk) on suhteliselt madalam.
4. Viiruse antikehade tuvastamine
Antikehade tuvastamise reagente kasutatakse IgM või IgG antikehade tuvastamiseks, mida inimkeha toodab pärast viiruse sisenemist inimkehasse. IgM antikehad ilmuvad varem ja IgG antikehad hiljem.
Praegu kasutavad viis uut heakskiidetud koroonaviiruse antikehade tuvastamise reagenti kolloidkulla meetodit ja magnetosakeste kemoluminestsentsi meetodit.
5. Kolloidkulla meetod
Kolloidkulla meetod kasutab testimiseks kolloidkulla testpaberit, mida praegu sageli nimetatakse kiirtestipaberiks.
Selline testpaber on spetsiaalselt märgistatud ja sellel on augud, mida kasutatakse uuritava seerumiproovi tilgutamiseks. Kolloidkulla katsepaberil on kaks joont, millest ühte nimetatakse katseliiniks ja teist kvaliteedikontrolli jooneks. Kui mõlemad read on värvilised, tähendab see positiivset; värviline on ainult kvaliteedikontrolli joon, mis tähendab negatiivset; välja arvatud need kaks juhtumit, kuulub see valede tulemustesse.